Eines der größten und schönsten Gewässer der Schorfheide ist der Werbellin, ein Rinnsee aus der letzten Eiszeit. Er hat eine Fläche von fast 786 ha u. erstreckt sich über 13 km Länge. An seiner breitesten Stelle mißt er rund 1.300 m, stellenweise ist er 60 m tief.
Neben unterirdischen Quellen wird der See aus dem Grimnitzsee gespeist. Die Verbindung vom Grimnitzsee wurde im 17. Jahrhundert künstlich hergestellt. Der Abfluss aus dem See erfolgte ursprünglich zur in die Oder mündende Finow, seit 1620 zum Finowkanal ausgebaut. Heute mündet der zum Werbellinkanal ausgebaute Ablauf des Sees in den 1906-1914 erbauten Oder-Havel-Kanal, der mit der Havel durch die Lehnitzschleuse verbunden ist, mit der Oder durch das Schiffshebewerk Niederfinow.
Auf dem Werbellinsee gibt es ein Fahrgastschiffahrtsunternehmen, das fahrplanmäßige Rundfahrten und Charterfahrten durchführt. Durch den Werbellinkanal und Oder-Havel-Kanal hat der Werbellinsee eine schiffbare Verbindung zu den Weltmeeren. Aus diesem Grund findet man relativ viele hochseetüchtige Jollenkreuzer und Yachten auf dem See.
Es gibt am See auch eine Reihe von Wassersportvereinen, so u. a. den SV Stahl Finow, mit den Abteilungen Segeln und Kanu, den Segel- und Wassersportverein Werbellinsee in Altenhof, den Yachtclub Schorfheide in Joachimsthal sowie eine Tauchbasis. Die Vereine tragen auch eine Reihe von Regatten aus. Wichtigste Veranstaltung ist die Werbellinseeregatta, die jährlich im August stattfindet und vom SV Stahl Finow ausgerichtet wird.